Программа нашла 5 чанков, и 2 существа расположенных не в том месте где нужно, но майнинг ещё не сканировался.

Скрин:
Запустил восстановление повреждённых чанков из бэкапов.
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
При попытке откатить чанки программа заглючила, и отказалась их откатывать, поэтому сейчас я постараюсь узнать точные координаты чанков через программу и откатить их самостоятельно.
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
С помощью программы установил повреждённые места:

Список проблемных мест:
OVERWORLD:
Region file: r.-8.-4.mca
|-+-Chunk coords: header (13, 26), global (-243, -102).
| +-Status: Wrong located
|
+
Region file: r.1.-1.mca
|-+-Chunk coords: header (20, 21), global (52, -11).
| +-Status: Wrong located
|
+
Region file: r.2.-1.mca
|-+-Chunk coords: header (25, 4), global (89, -28).
| +-Status: Wrong located
|
|-+-Chunk coords: header (24, 5), global (88, -27).
| +-Status: Wrong located
|
+
Region file: r.-2.5.mca
|-+-Chunk coords: header (5, 27), global (-59, 187).
| +-Status: Wrong located
|
+
MINING:
Region file: r.4.3.mca
|-+-Chunk coords: header (4, 13), global (132, 109).
| +-Status: Sharing offset
|
|-+-Chunk coords: header (4, 15), global (132, 111).
| +-Status: Wrong located
|
+
NETHER:
Region file: r.-1.0.mca
|-+-Chunk coords: header (17, 8), global (-15, 8).
| +-Status: Sharing offset
|
+
Заменить не получится. Поэтому удаляю, на это уйдёт какое-то время, заодно в майнинге удаляю огромное количество скопившихся монстров.
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
В майнинге удалил проблемные чанки и тонну мобов.

Скрин: